Tomoya Okazaki é um delinquente que acha a vida monótona e acredita que nunca chegará a nada. Junto com seu amigo Youhei Sunohara, ele mata a aula e planeja desperdiçar seus dias de escola. Um dia, enquanto caminhava para a escola, Tomoya passa por uma jovem resmungando baixinho para si mesma. Sem aviso, ela exclama "Anpan!" (uma comida japonesa popular) que chama a atenção de Tomoya. Ele logo descobre que o nome da garota é Nagisa Furukawa e que ela exclama coisas de que gosta para se motivar. Nagisa afirma que eles agora são amigos, mas Tomoya vai embora considerando o encontro como nada.

No entanto, Tomoya descobre que está notando Nagisa cada vez mais na escola. Eventualmente, ele concede e torna-se amigo dela. Tomoya descobre que Nagisa está retida há um ano devido a uma doença grave e que seu sonho é reviver o clube de teatro da escola. Alegando que não tem nada melhor para fazer, ele decide ajudá-la a atingir esse objetivo junto com a ajuda de outras quatro meninas.

À medida que Tomoya passa mais tempo com as meninas, ele aprende mais sobre elas e seus problemas. Enquanto tenta ajudar cada garota a superar seu respectivo obstáculo, ele começa a perceber que a vida não é tão monótona quanto ele pensava.