No ano de 2071, a humanidade colonizou vários planetas e luas do sistema solar, deixando para trás a superfície agora inabitável do planeta Terra. A Polícia do Sistema Solar Inter tenta manter a paz na galáxia, auxiliada em parte por caçadores de recompensas fora da lei, conhecidos como "Cowboys". A equipe desorganizada a bordo da espaçonave Bebop são dois desses indivíduos.

O calmo e despreocupado Spike Spiegel é equilibrado por seu parceiro turbulento e pragmático Jet Black enquanto a dupla ganha a vida perseguindo e coletando recompensas. Com o acréscimo de novos membros que conheceram em suas viagens - Ein, um Welsh Corgi geneticamente modificado e altamente inteligente; Faye Valentine, uma trapaceira enigmática com perda de memória; e o estranho garoto gênio da computação Edward Wong - a equipe embarca em aventuras emocionantes que desvendam o passado sombrio e misterioso de cada membro aos poucos.