Depois que um experimento de alquimia horrível dá errado na casa de Elric, os irmãos Edward e Alphonse são deixados em uma nova realidade catastrófica. Ignorando o princípio alquímico que proíbe a transmutação humana, os meninos tentaram trazer sua mãe recentemente falecida de volta à vida. No entanto, eles sofreram uma perda brutal: o corpo de Alphonse se desintegrou enquanto Edward perdeu uma perna e, em seguida, sacrificou um braço para manter a alma de Alphonse, prendendo-o a uma enorme armadura.

Os irmãos são resgatados por sua vizinha Pinako Rockbell e sua neta Winry. Após anos de treinamento, os irmãos Elric partiram em uma missão para restaurar seus corpos localizando a Pedra Filosofal - uma joia poderosa que permite a um alquimista desafiar as leis tradicionais da Troca Equivalente.