Haruka Nanase tem amor pela água e paixão pela natação. Na escola primária, ele competiu e venceu uma corrida de revezamento com seus três amigos Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki e Makoto Tachibana. Depois de reivindicar a vitória no torneio, os quatro amigos seguiram caminhos separados. Anos depois, eles se reencontram como alunos do ensino médio; no entanto, Rin não poderia se importar menos em voltar ao jeito que as coisas costumavam ser. Ele não apenas frequenta uma escola diferente, mas a única coisa importante para ele é provar que é um nadador melhor do que Haruka.

Após a amarga reunião, Haruka, Nagisa e Makoto decidem formar o Iwatobi High School Swim Club, mas eles precisarão de um quarto membro se quiserem participar do próximo torneio. Entra Rei Ryuugazaki, um ex-membro da equipe de atletismo que Nagisa recruta. À medida que a hora de competir se aproxima, os quatro desenvolvem um vínculo estreito enquanto treinam intensamente para chegar ao topo e resolver as coisas entre Haruka e Rin de uma vez por todas.