Hunter x Hunter se passa em um mundo onde Hunters existem para realizar todos os tipos de tarefas perigosas, como capturar criminosos e bravamente procurar por tesouros perdidos em territórios desconhecidos. Gon Freecss, de 12 anos, está determinado a se tornar o melhor caçador possível na esperança de encontrar seu pai, que era um caçador e havia abandonado seu filho há muito tempo. No entanto, Gon logo percebe que o caminho para atingir seus objetivos é muito mais desafiador do que ele jamais poderia ter imaginado.

No caminho para se tornar um caçador oficial, Gon faz amizade com o animado doutor em treinamento Leorio, a vingativa Kurapika e o rebelde ex-assassino Killua. Para atingir seus próprios objetivos e desejos, os quatro fazem juntos o Exame Hunter, conhecido por sua baixa taxa de sucesso e alta probabilidade de morte. Ao longo de sua jornada, Gon e seus amigos embarcam em uma aventura que os coloca em muitas adversidades e lutas. Eles encontrarão uma infinidade de monstros, criaturas e personagens - ao mesmo tempo em que aprendem o que realmente significa ser um caçador.