O estudante conservador de energia Houtarou Oreki acaba com mais do que esperava quando se inscreve no Classics Club a pedido de sua irmã - especialmente quando percebe como a história do clube realmente está enraizada. A contragosto, Oreki é arrastado para uma investigação sobre o mistério de 45 anos que cerca a sala do clube.

Acompanhado de seus companheiros de clube, o conhecedor Satoshi Fukube, a severa mas benigna Mayaka Ibara e a sempre curiosa Eru Chitanda, Oreki deve combater prazos e falta de informação com desenvoltura e talento oculto, para não apenas encontrar a verdade enterrada sob a poeira de obras criadas anos antes deles, mas também de outras pequenas caixas laterais.

Baseado na premiada série de light novel Koten-bu e dirigido por Yasuhiro Takemoto de Suzumiya Haruhi no Shoushitsu, Hyouka mostra que a vida normal pode ser cheia de pequenos mistérios, seja a história da família, um filme de estudante ou mesmo flores murchas que compõem uma história de fantasmas.