O sistema Mizuhanome é um desenvolvimento altamente avançado que permite que as pessoas entrem em um dos lugares mais intrigantes da existência - a mente humana. Por meio do uso das chamadas "partículas de cognição" deixadas para trás na cena do crime pelo perpetrador, os detetives do esquadrão policial especializado Kura podem manifestar a mente inconsciente de um criminoso como um fluxo bizarro de pensamentos em um mundo virtual. Sua tarefa é explorar esse plano psicológico, denominado "poço do id", para revelar a identidade do culpado.

Nem qualquer pessoa pode entrar nos poços de identificação; o pré-requisito é que você mesmo deve ter matado alguém. É o caso do ex-detetive Akihito Narihisago, conhecido como "Sakaido" dentro dos poços de identidade. Uma vez um respeitado membro da polícia, a tragédia o atingiu e ele logo se viu do outro lado da lei.

No entanto, Narihisago continua ajudando Kura no confinamento. Embora suas prodigiosas habilidades de detetive ainda sejam úteis para as investigações, Narihisago descobre que nem tudo é o que parece, já que por trás da série aparentemente autônoma de casos de assassinato se esconde uma verdade muito mais sinistra.