Katsuhira Agata é um adolescente quieto e reservado cuja sensação de dor quase desapareceu. Seu amigo, Chidori Takashiro, só consegue se lembrar vagamente dos dias antes de Katsuhira passar por essa profunda mudança. Agora, seu comportamento abafado e complacente faz de Katsuhira um alvo constante para os valentões, que o exploram por somas flagrantes de dinheiro. Mas seus punhos apenas conseguem fazê-lo piscar, já que até as emoções estão longe de seu alcance.

No entanto, um dia Katsuhira, Chidori e quatro outros adolescentes são sequestrados e forçados a ingressar no Sistema Kizuna como "Kiznaivers" oficiais. Os participantes estão conectados pela dor: se um membro for ferido, os outros sentirão a mesma agonia. Esses indivíduos devem se tornar os ratos de laboratório e bodes expiatórios de um sistema incompleto projetado com a paz mundial em mente. Com seus destinos literalmente entrelaçados, os Kiznaivers devem expor seu verdadeiro eu uns aos outros, ou arriscam falhar muito mais do que apenas o Sistema Kizuna.