O time de basquete da Teikou Junior High School é coroado campeão por três anos consecutivos graças a cinco jogadores de destaque que, com suas habilidades únicas e de tirar o fôlego, deixam os adversários em desespero e os fãs em admiração. No entanto, após a formatura, esses companheiros de equipe, conhecidos como "A Geração dos Milagres", seguem caminhos separados e agora se consideram rivais.

Agora, na Seirin High School, dois calouros recém-recrutados provam que não são jogadores de basquete comuns: Taiga Kagami, um jogador promissor que voltou dos Estados Unidos, e Tetsuya Kuroko, um estudante aparentemente comum cuja falta de presença permite que ele se mova despercebido. Embora Kuroko não seja atlético e nem consiga marcar pontos, ele era membro do time de basquete de Teikou, onde jogava como o "Sexto Homem Fantasma", que facilmente passava a bola e ajudava seus companheiros.

Kuroko's Basketball segue a jornada dos jogadores de Seirin enquanto eles tentam se tornar o melhor time do ensino médio japonês ao vencer o Campeonato Interhigh. Para alcançar seu objetivo, eles têm que cruzar caminhos com vários times poderosos, alguns dos quais têm um dos cinco jogadores com habilidades divinas, que Kuroko e Taiga fazem um pacto para derrotar.