Os Estados Unidos da América vivem um caos desde o surgimento dos D2s, uma espécie invasora originária de um meteorito preto que caiu na Terra. Um decreto público proibiu os cidadãos de tocar qualquer melodias, para evitar mais baixas causadas pelo ódio dos D2s pela música - mesmo agora, em 2047, essa proibição ainda está em vigor. A única forma de defesa da humanidade contra os D2s são os Musicarts, mulheres jovens que representam peças de música clássica; e os Condutores, aqueles que os controlam.

Takt Asahina, um prodígio do piano, é transformado em um Maestro após um ataque D2 espontâneo. O mesmo incidente mata a irmã mais nova de Anna Schneider, Cosette, e coloca Takt em contato com seu Musicart, Destiny. Procurando um meio de estabilizar o pacto entre eles, Takt e Destiny - ao lado de Anna - embarcam em uma jornada perigosa para a Sede da Symphonica na cidade de Nova York.