No início do século 21, a magia, há muito considerada folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. Na First High School, a instituição para mágicos, os alunos são segregados em dois grupos com base em suas notas no exame de admissão: "Blooms", aqueles que recebem notas altas, são designados para o Primeiro Curso, enquanto "Weeds" são alunos reserva designados para o Segundo Curso.

The Irregular at Magic High School segue os irmãos, Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados no First High School. Ao fazer o exame, o prodigioso Miyuki é colocado no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é relegado ao Segundo Curso. Embora seus resultados de testes práticos e status como um "Weed" mostrem que ele é magicamente inepto, ele possui um conhecimento técnico extraordinário, capacidades de combate físico e técnicas mágicas únicas - tornando Tatsuya o irregular em um colégio mágico.