Mitsuha Miyamizu, uma estudante do ensino médio que almeja por viver a vida na agitada cidade de Tóquio - um sonho que contrasta fortemente com sua vida atual no campo. Enquanto isso, na cidade, Taki Tachibana vive uma vida agitada como um estudante do ensino médio enquanto trabalha em seu emprego de meio período e espera por um futuro na arquitetura.

Um dia, Mitsuha acorda em um quarto que não é o dela e de repente se vê vivendo a vida dos sonhos em Tóquio - mas no corpo de Taki! Em outro lugar, Taki encontra-se vivendo a vida de Mitsuha no campo humilde. Em busca de uma resposta para esse estranho fenômeno, eles começam a se procurar.

Kimi no Na wa gira em torno das ações de Mitsuha e Taki, que começam a ter um impacto dramático na vida um do outro, ligando-os em um tecido unido pelo destino e circunstâncias.